Premiera motocykla miała miejsce jesienią 1998 roku. Dołączył on do zaprezentowanej rok wcześniej YZF-R1 tworząc wspólnie tzw. serię R. Poprzednikiem R6 w gamie modeli Yamahybył YZF 600 R Thundercat, który nadal pozostawał w produkcji, jednak teraz sklasyfikowany jako motocykl sportowo-turystyczny.
R6 podobnie jak jej "starsza siostra" - R1, była konstruowana jako motocykl ultra sportowy, nie ulegający jakimkolwiek kompromisom. Efektem owej bezkompromisowości jest maszyna, będąca w momencie swej premiery zdecydowanym liderem w swojej klasie. Była najlżejsza, najmocniejsza, najzwrotniejsza. Dlatego też sprawuje się zdecydowanie lepiej na torze, niż w ruchu ulicznym.
W swej historii motocykl przeszedł wiele zmian. Poważniejszych modyfikacji dokonano w latach 2001, 2003, 2006, 2008, 2010. W pozostałych rocznikach zazwyczaj zmieniały się jedynie schematy malowania.
Model 1999/2000
Konstruktorzy pierwszej generacji R6 postawili sobie za cel stworzenie motocykla jak najbardziej zwrotnego i jak najlżejszego. Z zadania tego wywiązali się znakomicie.
Nowa jednostka napędowa jest wyraźnie mniejsza w porównaniu z Thundercatem. Stało się tak głównie za sprawą nowej, krótszej skrzyni biegów, w której wałek zdawczy znajduje się nad wałkiem głównym. Górna część karteru silnika stanowi teraz jedną całość z blokiem cylindrów. Pozwala to wykorzystać go do usztywnienia ramy, a także redukuje jego masę. Wałki rozrządu zostały wydrążone, zaś ich napęd przeniesiono na prawą stronę, co umożliwiło rezygnację z szóstego łożyska wału korbowego. Cylindry wykonane są bezpośrednio w aluminiowym bloku i pokryte elektrolitycznie materiałem o dużej odporności na ścieranie i małym współczynniku tarcia. Współpracują z nimi lekkie, odkuwane tłoki. Silnik zasilany jest czterema gaźnikami o średnicy gardzieli 37 mm.
Niewielkie gabaryty silnika pozwoliły zmniejszyć także ramę. Jest ona spawana z aluminiowych odlewów. Również z aluminium wykonano tylny wahacz, który dla zwiększenia sztywności otrzymał dodatkowy zastrzał. W przednim zawieszeniu zastosowano widelec teleskopowy o średnicy rur 43 mm. Zarówno przednie jak i tylne zawieszenie wyposażone są w pełną regulację. Za wytracanie prędkości odpowiadają z przodu dwie tarcze o średnicy 298 mm wyposażone w czterotłoczkowe zaciski (takie same jak w cięższej i mocniejszej YZF-R1) oraz 220 mm-owa tarcza tylna.
W motocyklach z roku 2000 poprawiono mało precyzyjny mechanizm wybierania biegów. Silnik wyposażono w nowe pierścienie tłokowe oraz wzmocnione tłoki. Wzmocniono również mocowanie amortyzatora.
Model 2001/2002
Model 2001 nie różnił się znacząco od swego poprzednika. Zmiany w wyglądzie motocykla to nowa tylna lampa wykonana w technologii LED, nowy wspornik tablicy rejestracyjnej, lusterka o dłuższych ramionach (zapożyczone z R1) oraz powiększony błotnik przykręcany do tylnego wahacza. Silnik otrzymał nowe tłoki, na których płaszczu, między pierścieniami, wprowadzono rowek w kształcie litery V. Wymusiło to zwiększenie wysokości tłoka o 0,5 mm. Dodatkowo powierzchnie tłoków pokryto warstwą materiału o nazwie "Alumite", który ma zmniejszyć tarcie i zwiększyć ich trwałość. Z kolei użycie wyższych tłoków, chcąc zachować niezmieniony stopień sprężania, wymusiło skrócenie korbowodów. Modyfikacja mechanizmu zmiany biegów miała zapewnić łatwiejszą, lepiej wyczuwalną zmianę przełożeń. Zastosowanie lżejszego akumulatora, nowego mniejszego modułu zapłonowego oraz osi i nakrętki widelca wykonanych z aluminium pozwoliło zredukować masę motocykla i obniżyć jej środek. Dokonano również poprawek w układzie wydechowym i zestrojeniu gaźników.
Model 2003/2004
W 2003 roku R6 została całkowicie zmieniona. Ponad 90% części silnika zostało zmienione. Najważniejsze zmiany to 38 mm-owy wielopunktowy wtrysk paliwa, zastępujący dotychczasowe gaźniki.
Model 2005
Najbardziej zauważalną zmianą w roku 2005 było nowe przednie zawieszenie. Zastosowano odwrócony widelec teleskopowy ("upside down") o średnicy rur 41 mm oraz zmodyfikowano geometrię zawieszenia (zwiększono kąt główki ramy o 0,5° oraz wyprzedzenie z 86 na 95 mm). Zmieniono także rozmiar przedniej opony ze 120/60 ZR 17 na 120/70 ZR 17. Średnicę przednich tarcz hamulcowych zwiększono do 310 mm. Nowe tarcze są jednak cieńsze a w rezultacie lżejsze. Współpracują z nimi radialne zaciski hamulcowe. Również pompa hamulcowa jest teraz radialna.
Zmiany w silniku to powiększona średnica gardzieli układu wtryskowego (40 zamiast 38 mm) oraz nowe kanały dolotowe, lepiej wykorzystujące zjawiska falowe występujące w zasysanym strumieniu powietrza. W efekcie dało to wzrost mocy maksymalnej o 3 KM oraz poprawę jej przebiegu w niższym zakresie obrotów.
Model 2005 był dostępny w specjalnym schemacie malowania, oznaczonym R46, zaprojektowanym przez Valentino Rossiego.
Model 2006/2007
W 2006 r. R6 zbudowane od nowa. Zmieniony silnik teraz bazowy 127 KM (133 KM ze skutkiem ram-air) i maksymalną prędkością 17500 obr / min. (Prawda, wartości te są nieco niższe (około 122 KM / 16200 obr / min)). Wadą tych o krótkim skoku, interpretacji prędkości zorientowane na to, że nowy silnik ma mniej mocy i momentu obrotowego w niskim i średnim zakresie obrotów, a tym samym w dużej mierze na dobrej drodze, choć wtórne, podczas jazdy na autostradzie, ale jest zauważalne w negatywnym sensie. Szczególną cechą nowej pracy silnika przepustnicy elektroniczny napęd (drive by wire). Zamknięta przepustnica, ale będzie kontynuowana z liny. Inne cechy nowego modelu są również zawory tytanu, dwa wtryskiwacze na cylinder, kute tłoki, lżejsze koło zamachowe, tłumik z tytanu EXUP kontroli spalin i anti-hopping sprzęgła. Obudowa jest przeznaczona do początkowej fazie, 52,5 procent będą ponoszone przez przednie koło. Warto zauważyć, że rodzaj RJ095 w konfiguracji z 2005 r. pod nazwą YZF-R6S do 2009 r. został odsprzedany przez firmę Yamaha.
Model 2008/2009
Pozostałymi cechami nowego modelu są również zawory tytanowe, dwa wtryskiwacze na cylinder, kute tłoki, lżejsze koła zamachowe, tłumik tytanowy z regulacją EXUP wydechowego i sprzęgło poślizgowe.Podwozie jest zaprojektowane z ciężkim przodem, 52,5 procent pokrycia przedniego koła. Warto zauważyć, że typ RJ095 był w 2005 konfiguracji sprzedawany pod nazwą 2009 YZF-R6S Yamaha.
Model 2010 został zmieniony w niektórych punktach i zoptymalizowany: nie ma na nowo zaprogramowanego systemu zarządzania silnikiem i modyfikacji spalin.
Model 2010
W modelu 2010 zmiany ograniczyły się do modyfikacji układu wydechowego (nowy tłumik jest wyraźnie dłuższy) oraz zmiany oprogramowania sterującego jednostką napędową.